La homeopatía estimula a los espermatozoides, igual sí, pero va a ser que no es homeopatía

Hoy, día en que la ciencia de verdad ha colocado un robot a más de 200 millones de km, el servicio de búsqueda de artículos sobre biomedicina PubMed me trae un artículo con el siguiente título:

Effects of two homeopathic complexes on bovine sperm mitochondrial activity

Un par de comentarios. Primero, sobre el estupendo sistema de búsquedas automáticas de PubMed. Si no lo conoces, te invito a crearte una cuenta (gratuita, como todo lo demás del sitio del NCBI) y a programar una búsqueda. Sencillamente, se trata de que con la periodicidad que desees, PubMed realiza la búsqueda que desees y te envíe los resultados al correo. Indispensable para estar al día de nuevos hallazgos en tu campo.
En segundo lugar, ¿qué pasa con la homeopatía? Hay que puntualizar, porque generalmente se confunde este término con fitoterapia (aprovechamiento de plantas con propiedades curativas) o similares. Brevemente, la homeopatía consiste en realizar diluciones de una sustancia que provoca síntomas similares a las de una enfermedad. Para hacernos una idea, esas diluciones llegan a ser tan elevadas (se pasa una gota de sustancia a un bote con agua, se agita, se pasa una gota a otro bote, se agita... así varias veces), que el resultado final es como echar una gota de la sustancia original a un lago, al mar o (va en serio) a un recipiente con agua del tamaño del Sistema Solar. Imagínate que te estás bañando en Alicante, se acerca un individuo y te dice que bebas un trago de agua, que ha echado unas gotas de tal sustancia al mar cuando estaba en Venecia, y que por tanto el Mediterráneo es medicinal. Eso es, salvo que los homeópatas dicen que entre diluciones el bote se agita vigorosamente, y que en ese proceso la sustancia (que no tiene nada que ver con la enfermedad) "enseña" al agua a curar. Por eso aunque en las últimas diluciones pueda no quedar ni una molécula de la sustancia original, ese agua cura.

Eso es la homeopatía y no otra cosa (en este dossier hay más y mejor información, o en este otro sitio, en inglés). A propósito, a veces ese agua se usa para empapar unas bolitas de lactosa, las cuales se toman como pildoritas, con igual efectividad.
La homeopatía no cura, ni hace nada (a menos que seas intolerante a la lactosa de las pildoritas). En ningún estudio científico bien hecho (que en realidad es lo de toda la vida, comprobar si algo funciona o no) se ha comprobado que la homeopatía sirva para nada.
Volviendo a nuestro estudio de portada, tengo una búsqueda de PubMed que básicamente me busca todas las semanas los trabajos científicos que han salido sobre las mitocondrias de los espermatozoides. Las mitocondrias son una parte de las células que se encargan, entre muchas cosas, de producir energía. Los espermatozoides ya sabemos lo que son. Pues bien, me encuentro con este resultado:

	Effects of two homeopathic complexes on bovine sperm mitochondrial activity.
	Aziz DM, Schnurrbusch U, Enbergs H.
	Homeopathy. 2012 Apr;101(2):99-102.
	PMID: 22487369 [PubMed - indexed for MEDLINE]

Sí, la revista Homeopathy está indexada en PubMed, lo que no significa que sea científica o que lo que contiene tenga ninguna validez. Pero me gusta curiosear cuando me llega algo así. Más que nada, porque si fuese verdad lo que pone en esos artículos me faltaría tiempo para escribir a los autores y decirles: "Oye colega, vete ya a solicitar un premio Nobel, que te lo has merecido". Y es que si la homeopatía funcionase sería una revolución tal en la ciencia que habría que inventar un premio nuevo. Así son las cosas.
¿Funciona entonces la homeopatía? Bien, parece que esos autores dicen que al mantener a los espermatozoides 30 min en un medio al que se le añadía un "remedio" homeopático, la actividad mitocondrial se veía estimulada (no así en otras variables como la viabilidad o el estado del ADN). Un resultado impactante, si tenemos en cuenta lo que dije antes: las sustancias "activas" en un "remedio" homeopático se diluyen tanto que no deberían quedar muchas moléculas (o ninguna) en la dilución final.
¿O no es así?
Veamos la composición de estos "remedios":

• Ubichinon compositum© (ampollas de 2,2 ml), conteniendo 0,022 mL de cada una de estas sustancias: Coenzyme Q10 D10, Acidum ascorbicum D6; Thiaminum hydrochloricum D6, Natrium ribroflavinum phosphoricum D6, Pyridoxinum hydrochloricum D6; Nicotinamidum D6, Vaccininum myrtillus D4, Colchicum D4, Podophyllum D4, Conium D4, Hydrastis D4, Galium aparine D6, Acidum sarcolacticum D6, Hydrochinonum D8, Acidum alpha-lipoicum D8, Sulfur D8, Manganum phosphoricum D8, Natrium diethyloxalaceticum D8, Trichinoylum D10, Anthrachinonum D10, Napthochinonum D10, para-Benzochinonum D10, Adenosinum triphosphoricum D10, Coenzymum A D10, Acidum acetylosalicylicum D10, Histaminum D10, Nadidum D10, Magnesium gluconicum D10.
• Coenzyme compositum ad us. vet.© (ampollas de 5 mL), conteniendo 0,05 mL de cada una de estas sustancias: Acidum ascorbicum D6, Natrium ribroflavinum phosphoricum D6, Thiaminum hydrochloricum D6, Pyridoxinum hydrochloricum D6, Nicotinamidum D6, Acidum cis-aconiticum D8, Acidum citricum D8, Acidum fumaricum D8, Acidum a-ketoglutaricum D8, Acidum malicum D8, Acidum succinicum D8, Barium oxalsuccinicum D10, Natrium pyruvicum D8, Cysteinum D6, Pulsatilla pratensis D6, Hepar sulfuris D10, Sulfur D10, Adenosinum triphosphoricum D10, Nadidum D8, Coenzymum A D8, Beta vulgaris var. conditiva D4, Natrium diethyloxalaceticum D6, Manganum phosphoricum D6, Magnesium oroticum D6, Cerium oxalicum D8, Acidum alpha-liponicum D6.

¿Se entiende algo? No es inglés, sino latín. Resulta que los homeópatas llaman a las sustancias en latín, tal vez porque así suena más importante. Si en vez de decir sal de mesa dices natrium muriaticum (verídico), como que queda mejor, ¿verdad?
Una vez explicado esto, vayamos a por las diluciones. La D es una manera que tienen los homeópatas de expresarla. Uno parte de una solución concentrada (tintura madre) y la diluye tantas veces. La D indica que se ha diluido 10 veces según el número que sigue. Es decir, D6 indica que se ha diluido 1 millón de veces (10x10x10x10x10x10, es decir, 10 a la sexta potencia). Es curioso, porque los homeópatas suelen preferir las C, que indican "centesimales". Es decir, que se diluye cien veces según el número que sigue. Aquí, C6 sería una dilución de 10 elevado a 12 (un 1 con 12 ceros detrás, considerable).
Y aquí es donde paré y elevé una ceja, porque podemos ver bastantes D10 (muy pero que muy diluido), pero también muchos D4. Diluir algo 10.000 veces (D4) o 1.000.000 veces (D6) parece bastante, pero en biología no lo es tanto. Yo mismo en el laboratorio realizo diluciones mucho más elevadas, y vaya que si tienen actividad las sustancias químicas.
Nótese además que se indica la dilución, pero no la concentración de la que partimos. Volviendo a la sal de mesa (perdón, natrium muriaticum) no es lo mismo si parto de sal pura que si tengo una solución de 10 g de sal en 100 mL de agua, o si parto de 1 g de sal en 1 L de agua.
Bien, consideremos simplemente que se parte de soluciones bastante concentradas. Pongamos, de 1 mol por litro. Aquí me vais a permitir que use esta palabra, "mol", que es el estándar en química y biología para hablar de cantidad de sustancia. Un mol es más o menos un 6 con 23 ceros detrás de moléculas de una sustancia. Una cantidad impresionante, pero que apenas pesa unos gramos. Por ejemplo, un mol de sal pesa solo unos 58 gramos. ¿Por qué usamos esta unidad y no gramos u otras? Para no extendernos mucho, diré que por motivos prácticos. Al final, se trata de trabajar con moléculas y ver cómo interaccionan, por lo que interesa utilizar una unidad que está directamente relacionada con el número de moléculas.
Bien, por fin llego a lo que quería contar. Consideremos que la "tintura madre" de la que se parte está a 1 mol por litro (tampoco excesivamente concentrado). Si diluimos 1.000.000 veces (la D6) nos quedamos con 0,000001 moles por litro, es decir, 1 micromol por litro. Esto de micro parece ser bien poco, y lo es, pero a efectos de productos con actividad biológica es más que suficiente para causar efectos. Es más, diluyamos 1000 veces más (en la jerga del artículo llegaríamos a D9) y estaríamos en 1 nanomol por litro, ¡e incluso a más dilución muchas sustancias tienen un efecto más que apreciable! En el laboratorio trabajar con milimoles, micromoles y nanomoles por litro es lo típico.
¿Y qué tenemos en esas recetas a D4 y D6? Pues bastantes vitaminas y extractos de plantas. Por ejemplo:

• Acidum ascorbicum (a D6) es la vitamina C, un potente antioxidante.
• Thiaminum hydrochloricum (D6) es tiamina, vitamina B1, que precisamente es importante en el metabolismo energético (relacionado con la mitocondria).
• Riboflavinum, Pyridoxinum, Nicotinamidum (D6) son latinizaciones de moléculas llamadas cofactores, y de nuevo, relacionados con la mitocondria.
• Colchicum, Podophyllum, Conium, Hydrastis, Vaccininum, Pulsatilla, Beta, a D4, son extractos de plantas medicinales.

Algunas de estas sustancias (las que corresponden a las plantas medicinales) son típicas de otros preparados homeopáticos, pero se diluyen muchísimo más (C4 —D8— o superior). A esas diluciones no hay un efecto medicinal. Dudo mucho que los preparados que se utilizan en este artículo tengan un efecto real si se ingieren oralmente, pero estoy seguro de que añadidos directamente a espermatozoides van a tener un efecto farmacológico.
Y esto es lo que observan los autores. Añaden vitaminas, cofactores y extractos de plantas medicinales y, en algunas combinaciones, obtienen algo más de actividad mitocondrial. A propósito, mediante un método que no me convence para nada. Generalmente, uno añade a las células un compuesto que emite fluorescencia cuando la mitocondria es activa, y obtiene la proporción de células con fluorescencia alta. Aquí, lo que los autores muestran es la cantidad media de fluorescencia. Cuanto menos sospechoso.
En conclusión, los autores intentan hacernos creer que unos preparados homeopáticos tienen efecto sobre las mitocondrias de los espermatozoides, cuando lo más seguro es que estén viendo los efectos de vitaminas y otras sustancias a baja concentración.

Un último apunte. Realmente, la dilución final en el experimento es mayor, ya que en la ampolla cada sustancia está diluida 100 veces y los autores realizan otra dilución que no llega a 10 veces. En cualquier caso, seguimos hablando de concentraciones con actividad biológica, que explican los resultados del artículo sin necesidad de recurrir a la magia.

Un Campus más silvestre, por favor (To mow or not to mow)

Hoy ha tocado siega en el Campus de Vegazana. No podía tener peor aspecto...

Después de esto, el desierto.

Hasta hace poco, tal vez por falta de presupuesto, las zonas de césped del Campus estaban rebosantes de vida vegetal y flores. Algo parecido a esto:

Hagamos un poco de zoom y comparemos:

Hacer que el césped reverdezca va a requerir agua (en veranito). Tendremos unas pocas margaritas y tréboles... La vegetación segada había surgido espontáneamente tras unas lluvias de primavera, con una diversidad y color apabullante. Tal vez sea por mis orígenes de biólogo, pero yo prefiero un Campus así:

¿Cuánto durará?

Para césped, dejemos la campa de delante de la cafetería (para qué queremos el césped si no, para sentarnos). ¿Nadie se atreve a dejar que el Campus se asalvaje un poco? ¡Permitamos que el monte entre en nuestras vidas!

Publicitando tus artículos: ResearchGate

Por una vez no voy a escribir despotricando sobre política científica (aunque los últimos presupuestos invitan a ello). Aprovecho un análisis estadístico de 200 iteraciones que va por la 15, y aún le queda.

¿Conocéis ResearchGate? Es una especie de red social para investigadores, más parecido a Linkedin que a Facebook. Allí puedes poner tus comentarios, participar en grupos, mostrar tu CV, crear tu red de colaboraciones y contactos. No es que lo actualice muy frecuentemente, pero es interesante y una buena idea.

Una de las cosas que más me han gustado es la posibilidad de usar tu página de publicaciones como repositorio de tus artículos. En pocas palabras, subir los manuscritos para que cualquiera que esté interesado se los pueda bajar. Por supuesto, a menos que el artículo sea Open Access, no puedes subir la última versión publicada por la revista en cuestión. ResearchGate te informa, en base a la información bibliográfica, qué es lo que te permite la editorial. Algunas no te dejan compartir en absoluto (shame on you!), pero la mayoría permiten poner a disposición una versión "pre-print" o "post-print" del artículo. En pocas palabras, este es el borrador del artículo antes o después de enviarlo a la revista para su evaluación (no incluye las pruebas de imprenta, que ya están procesadas por el editor). Es decir, no es el artículo tal como se ve en la revista, pero es una solución si alguien está interesado en conocer tus resultados.

Aquí os dejo un enlace a mi página de publicaciones, donde tengo la mayor parte de mis artículos disponibles para bajar. Vale la pena probarlo.

¿Quieres hacer una tesis?

Es difícil aconsejar sobre esto en estos tiempos que corren. Para los valientes, va este post que he encontrado hoy mismo:

How To Start Your PhD The Right Way

February 24, 2012 by Yevgeniy Grigoryev in PhD

You have just finished your undergraduate studies, or perhaps you have been working in the field for a while, you are full of energy and zest and you want to prove to the world that you are carved from the right stone to pursue PhD studies.

Si me pidiesen destacar algo basándome en mi experiencia, os aconsejo:

• Elegid con mucho cuidado al grupo en el que pensáis hacer la tesis, máster, tesina, lo que sea. Desgraciadamente, abundan los grupos (mal) dirigidos por gente mediocre, abusadora o, simplemente, malas personas. No os dejéis engañar por lo interesante que pueda parecer el tema o las sonrisas de los primeros días. Preguntad a la gente que esté ya en el grupo, mirad si están a gusto (el mal ambiente se nota a la legua), lo que se dice del grupo. Si os gusta mucho un tema y está copado por un grupo que tiene mala fama, no tengáis miedo de ir a otro centro de investigación. Moverse es lo normal, y en otros países es usual hacer la tesis o el máster en un centro distinto al del grado. Y ante cualquier signo de abuso o mal rollo, denunciad e iros. La vida del doctorando está llena de segundas oportunidades.
• Buscad consejo de gente que esté ya con la tesis o el máster. Preguntad en foros, buscad al amigo de aquel colega que está haciendo la tesis, o a ese conocido de la promoción anterior y que se metió en un máster. Averiguad si la calidad de los másters o de la investigación es buena. Conoced de verdad el mundo en el que os vais a meter, sus entresijos y todo aquello de lo que uno no se entera. Una gran idea es empezar a colaborar con un grupo de investigación antes de acabar la carrera.

Y ante todo, mucha suerte. Ahora hay menos oportunidades para conseguir financiación (becas, contratos). Pero ánimo, con algunas opciones (becas FPI), la nota no lo es todo.

Timos científicos, o a científicos

Todos sabemos lo que es el spam. Lo que no es tan conocido es que los investigadores sufrimos un tipo muy especial de spam. No hablo de la publicidad de aparatos de laboratorio o de enzimas más eficientes, sino de otros, que pretenden una estafa bien evidente.

El primer tipo son aquellos que invitan a un congreso, hasta entonces desconocido por el destinatario, frecuentemente en algún destino exótico y atractivo. Lo que esconden estos congresos son unas desorbitadas tasas de inscripción y un nulo valor científico. Efectivamente, hay empresas que se lucran creando congresos. Demasiado dinero para una línea en el CV por haber asistido al "Simposio sobre la endometritis en la oveja afgana".

Hay otro tipo de spam congresil, un poco distinto. Generalmente, aprovechan un artículo publicado recientemente como excusa para "invitar" a dar una charla. Se alaba el gran nivel científico del artículo, y el congreso suele estar ubicado en China o Irán. En este caso, no se trata de cobrar (en principio), sino de atraer a investigadores extranjeros para aprovechar y dar cierto prestigio al congreso.

En otro nivel están los e-mails que invitan a publicar en una u otra revista. Suele tratarse de editoriales creadas para ganar dinero a base de inventar una revista tras otra o de editar libros sobre los más variados temas. Un ejemplo ya bastante conocido es Bentham Publishers (hay otro análisis sobre el spam de esta editorial y otras). Con la excusa de publicar con Open Access, se cobran cantidades considerables (más de 500 € por publicar un capítulo de libro y miles de euros por un artículo en una revista). Y eso si no apareces de repente en el comité editorial de una de esas revistas, sin recordar si diste tu permiso.

Un clásico son publicaciones como Who is Who, y similares. Afortunadamente, no cobran nada por incluirte en sus recopilaciones, pero al poco de enviar los datos que te solicitan, empieza el bombardeo para que compres el libro. Efectivamente, esa es la historia, contribuyes a publicar un libro que luego te quieren vender. Si ignoras el bombardeo de e-mails, cartas e incluso llamadas telefónicas, se acaban cansando.

La sorpresa ha venido esta semana. Un nuevo nivel de sofisticación que no esperaba. Me pasan una circular que dice así:

Nos ponemos en contacto con vosotros con motivo de la próxima publicación de la Agenda Sci+d 2012 para el personal científico en España.
Una agenda con la que podéis estar informados de todos los eventos científicos de interés (conferencias, cursos, ferias,...) y que, además, reúne a 366 investigadores y técnicos, uno por cada día del año, sus proyectos y publicaciones.
Sci+d “ Servicios para la ciencia, investigación y desarrollo” es una entidad española de apoyo a la investigación formada por un grupo de profesionales científicos, investigadores y técnicos.
La aparición en esta agenda es voluntaria y proporciona beneficios como la publicitación de vuestro proyecto, la visibilidad de vuestra labor, la concentración de información y el contacto con otros profesionales de vuestro sector.

En principio, nada que reprochar, una buena manera para darse a conocer.

Además se realizará un sorteo entre los 366 investigadores y técnicos que formen parte de la Agenda Sci+d 2012 de 300.000€ para ayudar a financiar vuestros proyectos.

Si todo eso va a una sola persona, es mucho dinero. Mucho más que lo que solemos recibir los investigadores para desarrollar un proyecto normalito.

El precio de inscripción para 2012 es de dos cuotas de 90 € cada una o una sola cuota reducida de 150€, beneficiándose así de un descuento de 30€.

Vaya, esto me suena. Sí, igual que los congresos prefabricados y las publicaciones de dudoso honor. A propósito, si la cuota es de 150 € y hay 366 participantes como máximo:
150 € x 366 = 54.900 €

No se puede dudar de que son unos filántropos, ponen 250.100 € para el premio del sorteo. Para tener tal capacidad financiera, no hay nada en Internet relacionado con esta Sci+d, excepto esta página:
http://halteniarazon.blogspot.com/2011/09/los-ricos-nigerianos-ahora-invierten-en.html

Que, básicamente, llega a la misma conclusión que yo: otro timo (no hacía falta ser Einstein para esto).

Así que, colegas científicos, mucho ojito, que vienen a estafarnos.

Remedio homeopático contra el dolor de barriga

Si os habéis dado cuenta, cuando el hambre ataca de veras, la barriga duele. Puede doler de veras, ¡seguro que os ha pasado a todos!

En esas estaba el otro día, con un hambre de mil diablos. Y como era la hora de la merienda, me puse a comer unos ricos bollos. La verdad es que con el primero desapareció el incómodo dolor pero, como estaba en plan goloso, seguí con otro y con otro...

Hasta que el dolor volvió, esta vez por hartazgo. Pero mientras me debatía entre retortijones se me apareció Samuel Hahnemann, y me dio la inspiración para desarrollar un remedio para librar al mundo de uno de sus más terribles males, ¡el dolor de barriga!

Si me como un bollo, el dolor de barriga desaparece, pero si me como muchos, vuelve a aparecer, mayor aún si cabe. Por lo tanto, es lo mismo lo que cura que lo que causa el dolor, y cuando lo consumo en cantidades menores, es cuando su capacidad curativa es mayor.

Así que, animado por esta idea maravillosa (y tras varias horas de dificultosa digestión), tomé una migaja de uno de los bollos y la eché en una botella de plástico que tenía medio llena con agua. La tapé bien y me lié a darle golpes contra la mesa. Cincuenta o incluso más, que había que transmitir bien la mística energía del indigesto bollo al agua (nunca se sabe, por su naturaleza porosa). Busqué otro recipiente adecuado, y esta vez localicé un túper que cerraba bien. Lo llené con agua del grifo y le pasé medio taponcito del agua de la botella. Repetí el golpeteo y el traspaso de líquido al menos una docena de veces, hasta que sentí que el líquido casi palpitaba con las medicinales vibraciones.

Ahí estaba, el remedio definitivo contra el dolor de barriga. Mi contribución al bien de la humanidad había tenido éxito.

Sé que hay muchos incrédulos, cuyas mentes son de tal cortedad que no pueden entender los milagros de la homeopatía. Pero funciona, y lo he comprobado definitivamente. Ahora, cada vez que siento ese horrible dolor de estómago por la tarde, echo unas pocas gotas (dos o, como mucho, tres, así de poderoso es el remedio) sobre un bollo y me lo como. Con una rapidez asombrosa el dolor remite. Siempre. Que vengan los escépticos y demuestren que miento.

Errores comunes en la escritura de números y unidades

Continuamente tenemos que manejar números sobre distintos conceptos: lo que cobramos cada mes, el número de aciertos en la lotería, nuestro nivel de colesterol, etc. Es fácil asumir que la representación correcta y exacta de los números y unidades (qué se está midiendo) es un asunto muy importante: no es lo mismo que tengamos que pagar 100 euros que 100 yenes, pero es lo mismo comprar 500 mL de leche que 0,5 L (pero, obviamente, no es lo mismo 0,25 L que 2,5 L).

En ciencia la corrección que se debe buscar al representar cantidades es aún más importante. Debe ser absoluta, y para asegurarlo hay una serie de normas. Estas normas no existen porque sí, sino precisamente para que no haya confusión al intercambiar información. En caso de que las cantidades no se representen correctamente, tanto su magnitud (es decir, el número) como sus unidades (es decir, qué se está midiendo), pueden suceder cosas malas. Desde la incomodidad que representa el leer medidas mal representadas en los apuntes de un colega, hasta auténticos desastres. ¿Os acordáis de la Mars Climate? Aquí podéis leer un buen resumen de lo que sucedió, y el por qué: http://centros5.pntic.mec.es/ies.victoria.kent/Rincon-C/Curiosid/Rc-6/RC-6.htm

A propósito, que todos deberíamos utilizar las unidades del Sistema Internacional, adoptado por todos los países excepto USA, Liberia y Myanmar. Precisamente, la pereza de los USA por adoptar el sistema nos trae no pocas complicaciones (¿cuántos no tenemos multitud de objetos basados en pulgadas, psi, etc.?). Más información sobre el nunca bien ponderado SI: http://en.wikipedia.org/wiki/International_System_of_Units

Pues sí, los países en rojo aún no han adoptado el Sistema Internacional, y así estamos (cabezones).

Realmente, las normas de escritura de unidades y números son bastante pocas, bastante lógicas y bastante útiles. Hace tiempo que encontré una excelente recopilación que se lee en un momento, y que, afortunadamente, veo que sigue accesible: http://personal.telefonica.terra.es/web/pmc/ (¡gracias, don Pedro!). De ese sitio resalto este párrafo:

No considero «ignorante» a quien no sabe -cada cual tiene sus medios de aprendizaje- sino a aquel que pudiendo saber, no sabe... Yo ponía la coma decimal «arriba» porque así me lo enseñaron... hasta que leí que no era así; en mi condición de profesor, y no sin esfuerzo, cambié sin dejar de tener presente que las normas UNE no obligan a nadie.

No puedo dejar de estar más de acuerdo con el autor. Al contrario que en el cumplimiento de la ley (su ignorancia no exime de su cumplimiento, y al que no cumple se le castiga), no hay pecado en cometer incorrecciones al escribir unidades (aunque algunas sean de un calibre como para llevarse las manos a la cabeza —aguantemos la tentación). Pero más que pecado es insistir, por cabezonería, en cometer errores una vez que se conoce la manera correcta.

Y sin retractarme de lo anterior, es mi opinión que el deber de todo investigador asegurarse de que lo que hace lo hace bien, incluyendo aquello que comunica.

Y ahora, los errores que me vienen ahora a la cabeza como más comunes:

• Utilizar el apóstrofe (la coma elevada) en vez de la coma para separar decimales. Este es un típico error que se perpetúa de profesores (de todos los niveles) a alumnos, algunos de los cuales llegan a ser profesores, cerrando el ciclo. En vez de escribir 2'5, se debe escribir 2,5. De hecho, aunque personalmente no me gusta, se podría escribir 2.5 (la llamada notación internacional), pero no hay que olvidar que lo normativo en España es la coma. En resumen: el apóstrofe no se debe utilizar para separar la parte entera de la parte decimal.
  
• No poner espacio entre números y unidades. Este error "menor" se comete a menudo, y eso que (si no recuerdo mal) sólo hay una excepción, el símbolo de porcentaje (%) y los grados, minutos y segundos para ángulos planos (por ejemplo, 45° 3' 7"). Siempre debe haber un espacio de separación entre números y unidades. Como curiosidad, en los procesadores de texto existe un "espacio de no separación", que impide que números y unidades queden en distintas líneas de texto (aquí, cómo se puede generar fácilmente en distintos programas).
• El jaleo con los grados de temperatura. Digo jaleo, porque los errores son muy variados, seguramente porque tenemos cuatro elementos en este caso: el número, el espacio, el símbolo de grado y la letra que indica el tipo de escala. Para ir al grano, pongamos la correcta: el símbolo del grado Celsius es °C, así, con el ° siempre asociado a la C, nunca separado. Entre el número y el símbolo se debería poner un espacio, aunque se perdona a menudo (de hecho, en muchas publicaciones, especialmente anglosajonas, se suele poner junto). Así, veinticinco grados Celsius se escribe como 25 °C. Recientemente vi una barbaridad (era una barbaridad porque venía de un corrector de textos técnicos, concretamente de patentes), tal como "la temperatura óptima es de 25°-60°C". De hecho, la manera correcta de escribir algo así sería "la temperatura óptima es de 25 °C a 60 °C".
• Escribir gr., gr, g., Kg., kg., Kg, Km, hr, sec, seg. En las normas de escritura de unidades se indica que el símbolo de kilo (es decir, 10³) es la k, (no la K), el símbolo del gramo es la g, de la hora es la h y del segundo es la s (pero el del minuto es min). Como son unidades, no llevan nunca punto (excepto para cerrar la frase, como en la frase anterior). El utilizar K para kilo es un error bastante extendido (incluso en indicaciones oficiales, como señales), aunque, en general, no lleva a confusión. Pero en el caso del gramo, resulta que gr es abreviatura de grano (una unidad tradicional admitida por el SI). Otros errores podrían acarrear consecuencias más graves, como usar M para mili (10^-3), cuando es el prefijo de mega (10⁶), o Tm como abreviatura de la tonelada métrica (megagramo, Mg), ya que es la unidad del terámetro (10¹²). Es una pena que algunos de estos errores sean propiciados por muchas revistas científicas, que admiten, e incluso exijen, utilizar hr y sec en vez de sus homólogos SI.
• Utilizar el apóstrofe simple y doble (4' 30") para representar minutos y segundos de tiempo. Como mencioné arriba, se utilizan para representar fracciones de grado en ángulos planos. Para el tiempo se debe utilizar min y s.
• No poner un 0 (cero) delante de cifras que carecen de parte entera (por ejemplo, 0,4534). El cero inicial ayuda a leer la cifra y evita equivocaciones (¡pensemos en publicaciones con tipos de letra pequeños, impresas con poca tinta o en personas con poca agudeza visual!). Aquí tengo que lamentarme otra vez por todas esas revistas que aún obligan a escribir las cifras sin parte entera sin el cero inicial.

Hay muchos más errores, pero sólo quiero resaltar los más comunes. Como dije anteriormente, no hay motivo alguno de vergüenza si uno se da cuenta de que ha estado escribiendo incorrectamente estas unidades. Todos (incluyendo un servidor) nos dimos cuenta un buen día de que la manera normalizada era otra.

Gestores de bibilografía: BibTeX y BibDesk

Iba a hablar de gestores de bibliografía (por ejemplo, esto, esto o esto), pero he decidido posponer la entrada para explicar mi punto de vista sobre el tema. Un servidor produce sus documentos (científicos y no tanto) generalmente con LaTeX, no con un típico procesador de textos. Generalmente, con un procesador de textos, se puede utilizar una aplicación que gestiona la bibliografía y que a menudo instala un plug-in (un menú o una barra de herramientas) que permite ir añadiendo citas al documento (de todas maneras, OpenOffice, y parece que las últimas versiones de MSWord, incluye su propio sistema bibliográfico). Al acabar, basta con indicar el estilo de las citas y de la bibliografía para que el gestor genere la bibliografía y formatee las citas con el estilo deseado, voilà! ¿Que más adelante se necesita cambiar el estilo? Basta con indicarlo en el menú para que las citas y la bibliografía queden reformateadas con el estilo correspondiente.

LaTeX tiene un estupendo sistema para incluir bibliografía en los documentos, llamado BibTeX. Sin embargo, aquí no se necesitan plug-ins ni menús. La razón es que un documento LaTeX, para quien no lo haya mirado en el enlace de arriba, se escribe como un simple texto sin formato. La estructura del documento se indica con una serie de etiquetas, como \begin{document} o \section{Resultados}. Cuando se quiere ver el resultado, el texto se pasa por el compilador de LaTeX y se obtiene un hermoso documento PDF.

Cuando queremos introducir bibliografía en un documento LaTeX, utilizamos varias de esas etiquetas. Por ejemplo, \cite{ji2010a} indicaría que queremos citar un trabajo que hemos etiquetado como ji2010a. Allí donde queramos que aparezca la lista de referencias, escribimos \bibliography{mybib}. Al generar el PDF se tomarán los datos del archivo mybib.bib (lista de referencias en formato BibTeX), apareciendo las citas y la lista de referencias perfectamente formateadas (hay muchos más detalles que omito, por no ser cargante).

Lo importante es que veáis que para mí no es una prioridad el tener un sistema de gestión de bibliografía que incluya un plug-in para introducir citas en mis documentos. Ya lo hago yo mientras escribo, y LaTeX se encarga de todo lo demás. Lo importante para mí, es que el sistema que utilice tenga la capacidad de exportar las referencias en formato BibTeX, lo cual no es complicado, ya que, junto a RIS, se ha convertido en uno de los estándares para guardar información bibliográfica. A propósito, hay bastantes programas que utilizan BibTeX para almacenar referencias, pero esto no quiere decir que sólo se puedan usar con LaTeX. Muchos permiten generar bibliografías para utilizar con un procesador de textos.

Para gestionar mis archivos BibTeX utilizo BibDesk (a propósito, LaTeX, BibTeX y BibDesk son software libre, ¿lo dudábais?). Es un gestor de bibliografía bastante sencillo de usar y a la vez bastante potente, solo para MacOS, a propósito (para los desencantados, echad un vistazo a Bibus, JabRef y similares). Utiliza el formato BibTeX para guardar las referencias, por lo que puedo utilizar los archivos directamente con mis documentos de LaTeX, bastante cómodo. Como otros gestores bibliográficos, tiene integrados varios motores de búsqueda (PubMed, Web of Science) para poder realizar la captura de referencias sin tener que estar saltando al navegador. Además, puede importar y exportar varios tipos de formatos de bibliografía, para cuando hay que compartir bibliografías o hay que obtener referencias que no están disponibles en PubMed (puedo acceder a WoS —de pago— a través de FECyT por estar en una universidad, pero este tipo de acceso no lo reconoce BibDesk).

Generalmente, cuando encuentro una referencia nueva y puedo bajar el PDF, lo hago y lo guardo en mi "biblioteca" (un sistema de carpetas con el nombre de las revistas). Me gusta especialmente cómo enlaza BibDesk con los PDF, basta con arrastrarlos a un área lateral de la ventana mientras se tiene a la referencia en cuestión seleccionada, y ya queda disponible para ser abierto (incluso ojeado desde el propio programa). Y si el PDF se mueve a otra carpeta no hace falta reenlazar el documento, BibDesk hace uso de algunas características del sistema de archivos de MacOS para no perder la pista del archivo. Si éste cambia de sitio, el sistema le dice a BibDesk dónde encontrarlo, sin que nosotros tengamos que hacer ningún cambio.

Pues esto es lo que quería presentar antes de entrar a hablar de sistemas de gestión de bibliografía, para que veáis de dónde vengo y lo que estoy utilizando ahora. Esto no quiere decir que no me interese utilizar un sistema que me permita guardar la bibliografía de otra manera (tal vez más eficiente en cuanto al flujo de datos), o que me permita crear bibliografías con mi procesador de textos (OpenOffice, por supuesto). Sencillamente, no son prioridades para mí, o al menos no tanto como que me permita enlazar cómodamente PDFs, disponer de salida en formato BibTeX o, necesidad de última hora, poder tener mi bibliografía "en la nube" y compartirla ágilmente. Esto último no me lo permite hacer BibDesk (tiene alguna capacidad de compartir bibliografías, pero bastante limitada), y es lo que me ha movido a escribir sobre este tema. El próximo post, descubriendo nuevas posibilidades para la gestión bibliográfica.

A propósito, un ejemplo de una entrada en un archivo de BibTeX:

@article{ji2010a,
Author = {Ji, Yingbiao and Tulin, Alexei V},
Journal = {Curr Opin Genet Dev},
Month = {Oct},
Number = {5},
Pages = {512-8},
Title = {The roles of PARP1 in gene control and cell differentiation},
Volume = {20},
Year = {2010}
}

Cada línea corresponde a una parte de la referencia, creo que las etiquetas son bastante descriptivas (una pista: la referencia es de un artículo de una revista, y la etiqueta para citarla es ji2010a). Obviamente, cuando BibTeX procesa la entrada, reorganiza toda esta información de manera que el formato de la referencia corresponda a lo que deseamos.

Un primer encuentro con Firefox 4 (beta)

Acabo de aprovechar para bajarme la última versión, aún en beta, de mi navegador favorito, Firefox. Como es habitual, me ha sorprendido muy gratamente. El tiempo de arranque se ha reducido bastante, la navegación es muy ágil, y algunos defectillos parece que han desaparecido. Le han dado un nuevo "look", que en parte me gusta, pero al que tardaré unos días en acostumbrarme. En el breve tiempo que lo he probado, no ha hecho cosas raras ni se ha cerrado sin avisar. Buena cosa para una beta.

De momento, vuelvo al eficiente Firefox 3.6. La razón es que no todos los complementos funcionan en la versión 4 beta, y algunos realmente los necesito. Ha sido una experiencia breve pero intensa, esperemos que Firefox 4 salga pronto.

Para los aventureros, se puede bajar de:
http://www.mozilla.com/es-ES/firefox/beta/

Manifiesto por una Universidad libre de pseudociencia y oscurantismo

(copiado de Amazings)

Manifiesto por una Universidad libre de pseudociencia y oscurantismo

Ante la cada vez más abundante proliferación de conferencias, cursos, seminarios y todo tipo de actividades que diferentes corrientes pseudocientíficas están desarrollando dentro del marco de las universidades españolas y latinoamericanas, tendencia que cristaliza en la reciente creación de una Cátedra de Investigación sobre Homeopatía en la Universidad de Zaragoza, los abajo firmantes (científicos, profesores, alumnos y ciudadanos en general) nos vemos en la necesidad de manifestar lo siguiente:

La colaboración entre la Universidad y la Empresa, así como con otros organismos y agentes sociales es enriquecedora, productiva y debe ser considerada como una de las prioridades de la política universitaria. Los acuerdos y contratos para la transferencia de resultados de la investigación a la empresa privada pueden representar una importante fuente de financiación para las universidades públicas; los cuales, desarrollados convenientemente, permiten una mayor productividad científica y la optimización de las aplicaciones de tal actividad. Sin embargo, creemos que no es justificable que la Universidad busque vías de financiación a cualquier precio, y aún menos si con ello pervierte su filosofía y fines fundamentales.

La Universidad Pública, como cualquier otro organismo de la administración, debe estar al servicio del ciudadano, manteniendo un contacto permanente con la sociedad de la que forma parte, mediante una comunicación constante que permita la sintonía entre el mundo universitario y las necesidades sociales. Para cumplir estos objetivos, la Universidad debe ser un adalid en lo referente a innovación y a exploración de nuevos caminos para el conocimiento. La Universidad nunca debe ser una estatua, sino una animación en constante movimiento.

No es posible entender la función investigadora y el compromiso social de la Universidad sin la imbricación con su papel fundamental en la formación de ciudadanos libres, capaces de enfrentarse al mundo mediante una mentalidad crítica que les permita escapar de las cadenas de la irracionalidad, la superstición y la ignorancia. Esta función docente, completamente consustancial a la institución universitaria, va más allá de las aulas, al representar la Universidad un referente en cuanto a conocimiento y racionalidad para toda la sociedad.

En este sentido, la Universidad juega un papel muy importante ante el avance que en la sociedad contemporánea están teniendo determinadas corrientes anticientíficas y antirracionales, que pueden suponer un significativo retroceso hacia el oscurantismo y la superstición, algo que se encuentra en el polo opuesto de los objetivos universitarios. Nos preocupa, como universitarios y como ciudadanos, que bien entrado el siglo XXI cada vez prolifere un mayor número de terapias más próximas a la magia que a la medicina, en muchas ocasiones amparadas por instituciones y empresas médicas profesionales; nos preocupa que presidentes de gobierno consulten astrólogos; que pulseras mágicas declaradas oficialmente fraudulentas sean portadas por ministros de sanidad y constituyan el regalo más vendido de las últimas navidades; que cada vez haya más ciudadanos que crean firmemente que las vacunas son tóxicas y nefastas para la salud; que aumente el número de enfermos que abandonan el tratamiento médico para abrazar alternativas esotéricas; nos preocupa muy seriamente que gran parte de la población vuelva a confiar más en los curanderos que en la medicina científica.

Nos preocupa que la Universidad pueda convertirse en un mercadillo que de cabida a cualquier alternativa irracional al conocimiento científico. Sólo una mal entendida apertura de mentalidad puede justificar que se enseñe alquimia en las Facultades de Química, ufología en las de Física o el diluvio universal en las de Historia. Ofrecer el foro universitario a las pseudociencias, en igualdad de condiciones con el conocimiento racional, no se traduce en ningún enriquecimiento cultural, sino en una validación universitaria de la superstición y la charlatanería. Difícilmente podremos educar a nuestros hijos sobre la inexistencia de bases empíricas en la predicción astrológica si van a encontrar en el campus universitario cursos de postgrado en astrología.

Reza una de las máximas en ciencia que la razón no debe aceptar algo como cierto sólo porque lo afirme mucha gente o porque lo suscriban personajes importantes, y que siempre es necesario detenerse ante cualquier afirmación y dudar sobre si es o no cierta. Esto obliga a actuar mucho más despacio, a sopesar cuidadosamente las opciones, a avanzar con cautela ante cualquier tipo de propuesta. Y esta es una de las cosas que creemos firmemente que debe enseñarse en las universidades.

Por todo ello, nos preocupa que la Universidad de cabida a cursos sobre acupuntura, a conferencias sobre creacionismo, a seminarios sobre astrología y a cátedras sobre homeopatía. Nos preocupa especialmente si no se enfocan como un debate crítico y un análisis racional, sino con un presupuesto de funcionalidad y validación científica de los que no sólo carecen, sino que están en frontal oposición al espíritu crítico universitario.

En el caso concreto de la homeopatía, aunque de igual aplicación para el resto de pseudociencias, no se ha demostrado científicamente ni su fundamento teórico (que contradice nuestros conocimientos sobre química y medicina más elementales), ni su efectividad más allá de un placebo. Décadas atrás, se destinaron importantes estudios a buscar una posible base en los postulados homeopáticos, los cuales no han variado significativamente en doscientos años, base que jamás se encontró.

Nos resulta extremadamente paradójico que mientras gobiernos europeos retiran fondos y apoyos estatales a la práctica homeopática, en España se instauren cátedras dentro de las universidades públicas. El aval que esto supone, sitúa a la homeopatía, a la astrología o al espiritismo dentro de la categoría de disciplinas universitarias; máxime cuando no nos encontramos exclusivamente ante una actividad de investigación sobre un fenómeno dudoso, sino ante una institucionalización dirigida a la formación y divulgación de estos postulados.

Consideramos por último, que si bien está justificado profundizar y destinar fondos a cualquier aspecto que pueda ser investigado, la especial situación económica actual convierte la inversión de esfuerzo y medios en este tipo de disciplinas totalmente desacreditadas en un acto de puro despilfarro de recursos, que podrían emplearse en líneas de investigación y docencia muchísimo más prioritarias.

Las personas que desde distintos estamentos y colectivos de la sociedad suscribimos este manifiesto, deseamos llamar la atención sobre este importante aspecto al conjunto de la población y, especialmente, a las autoridades académicas y gubernativas, confiando en que la razón acabe imponiéndose sobre la superstición y el oscurantismo.

FIRMAR EL MANIFIESTO

Credo de la pipeta

[desvergonzadamente plagiado de "La chaqueta metálica" ("Full metal jacket"). Gran película. Véase "Rifleman's Creed".]

Ésta es mi pipeta.
Hay otras muchas, pero ésta es la mía.
Mi pipeta es mi mejor amiga.
Es mi vida (puesto que no hay vida fuera del laboratorio).
Tengo que dominarla, igual que domino la técnica del pipeteo.
Sin mí, mi pipeta es inútil. Sin mi pipeta, no puedo investigar.
Tengo que acertar con las puntas, tengo que pipetear y echar la muestra en el tubo correcto.
Tengo que transferir la muestra sin perder un microlitro.
Lo haré...
Mi pipeta es investigación, porque participa de mi investigación.
Por lo tanto, la consideraré como a una hermana.
Aprenderé cuál es su precisión, su repetibilidad, sus piezas y accesorios.
Nunca la trataré inapropiadamente, y la protegeré de los ácidos, bases y solventes más fuertes, como protegería mis brazos, mis ojos y mi corazón de esas sustancias.
Mantendré mi pipeta limpia y lista, libre de RNasas.
Nos convertiremos uno en parte del otro, la pipeta será la continuación de mi mano.
Lo haré...
Esto que digo lo juro ante Watson y Crick, ante Eppendorf y Gilson.
Mi pipeta y yo defenderemos la ciencia.
Triunfaremos ante las adversidades y las contaminaciones de DNA exógeno.
Publicaremos en revistas de alto impacto.
Así sea hasta que consiga clonar la secuencia apropiada, y no haya más PCRs fallidas, sino una banda bien definida.
¡AMÉN!

Scientix: recursos educativos sobre ciencia

Leo en CORDISnews (del Servicio de Información Comunitario sobre Investigación y Desarrollo) que el programa "Ciencia y Sociedad" del Séptimo Programa Marco ha puesto en marcha un portal para proveer de recursos sobre enseñanza de ciencias a la comunidad educativa. Scientix se encuentra en http://scientix.eu y tiene buen aspecto, aunque aún un poco escaso (he probado un poco, y sólo hay 59 recursos disponibles). No obstante, la idea es buena, parece que se basa en licencias Creative Commons, tiene vocación multilingüe y utiliza varias tecnologías web2.0.

Esperemos que la lista de proyectos y recursos siga creciendo. Mientras tanto, vale la pena suscribirse. Como buen portal 2.0, tiene prevista la interacción entre sus usuarios (echad un vistazo al botón Comunidad).

Am I a freak biologist?

Es curioso cómo la curiosidad tecnológica puede alienar a uno. Desde que empecé a trabajar en esto de la investigación no he podido evitar derivar de una habilidad a otra, captando un poco de aquí y allí. Siendo un biólogo, creo que merezco entrar dentro de alguna categoría freak:

• Escribo con cierta soltura en un teclado Dvorak, mejor que en un QWERTY. Esto produce situaciones un tanto estresantes, como que al cambiar bruscamente de teclado (de Dvorak a QWERTY, claro) se me vea teclear dubitativamente hasta que le cojo el tacto a la nueva distribución.
  
• Escribo la mayoría de mis trabajos en LaTeX. Esto ha reducido mi nivel de ansiedad al preparar manuscritos, excepto cuando el editor me insiste en que debo enviarle el documento en formato "MSWord".
• Utilizo ordenadores Mac (vale, esto ya no es tan raro)... con Fink... y recurro frecuentemente a la línea de comandos.
• Sé instalar un servidor web, bases de datos y sus correspondientes frontends, sobre Linux. Y lo administro a través de SSH.
• Analizo mis datos programando en R.
  
• Soy capaz de programar utilizando macros Excel 4.0 (no es algo que considere especialmente brillante).

Visitas

De visita en UK esta semana. Vuelo a Londres el lunes. El martes, viaje a Sheffield para preparar un proyecto con un grupo de la University of Sheffield. Reunión, visita a las instalaciones del grupo, presentación del proyecto, comida, visita a los alrededores y vuelta a Londres. Hoy miércoles, visita a otro grupo en la Zoological Society of London (Regent's Park) in the morning, para preparar la estancia de un doctorando. In the afternoon, viaje a Sunningdale (al lado de Ascot), para visitar a un colega con el que tengo varios frentes abiertos. Visita al centro, comida, visita a su parcela de trabajo (un trozo de bosque inglés), reunión de trabajo. Vuelta a Londres. Mañana, vuelta a España y a otro tema. Y seguimos...

Sincronizando datos: rsync (4) y un toque de SSH

Hablamos de crear unos scripts para automatizar el proceso de sincronización con el servidor. Nada más sencillo que abrir un editor de texto y escribir:

#!/bin/bash
rsync -axzuvh --delete --force-delete --exclude='.*' "/Users/myuser/Documents/miBiblioteca/Libros" my.server.com:/home/biblioteca/

Guardamos (por ejemplo, con el nombre bibliosync.libros) y convertimos el archivo en ejecutable. Para mayor comodidad, podemos añadir el directorio donde guardamos nuestro script a las rutas de búsqueda del intérprete de comandos que estemos usando. Esto se queda un poco fuera del tema, así que pongo lo que usé yo, y lo podéis adaptar a vuestro caso sin más que buscar por la red:

• Para convertir bibliosync.libros en ejecutable: chmod og+x ~/bin/bibliosync.libros
• Para añadir ~/bin a las rutas de búsqueda de bash (el intérprete de comandos que yo uso), basta con abrir el archivo ~/.profile (o ~/.bashrc) y buscar (o crear) una línea parecida a export PATH=$PATH:/sw/bin, y añadir dos puntos y nuestro directorio de scripts al final. Por ejemplo: PATH=$PATH:/sw/bin:~/bin.

Como yo tengo varios directorios que sincronizar, he creado varios scripts con el nombre bibliosync.lo_que_quiero_sincronizar, más que nada, para ahorrar un poco de tiempo cuando quiero sincronizar un solo directorio. Para cuando quiero una sincronización general, tengo otro script que lo único que hace es ir ejecutando los scripts particulares secuencialmente.

Por último, voy a comentar un pequeño detalle sobre SSH. Cada vez que queramos sincronizar, SSH nos va a pedir la contraseña para acceder al servidor, lo cual puede ser un poco pesado. Para evitarlo, y si la seguridad de nuestro ordenador no está comprometida (e. g., no lo vamos dejando a todo el mundo, o tenemos una cuenta de invitado sin privilegios para ello), podemos crear un archivo de clave en nuestro ordenador y copiarlo al directorio de claves autorizadas del servidor. De esta manera, nuestro ordenador se autentificará automáticamente con el servidor cada vez, sin tener que introducir nosotros la clave. Muy brevemente, sería algo así:

• Creamos una pareja de claves (privada y pública) escribiendo ssh-keygen en nuestro ordenador. Nos pedirá una passphrase (hagámosla complicada).
• Esto nos creará un par de archivos. Por defecto, éstos serán id_rsa e id_rsa.pub, en el directorio oculto ~/.ssh. Dejaremos id_rsa (o como lo hayamos llamado) allí, que está bien.
• El archivo pub lo copiamos al servidor, al directorio ~/.ssh, y le cambiamos el nombre a authorized_keys. Ojo, tiene que ser en la cuenta de usuario que utilizamos para realizar la sincronización. Si ya existe un archivo authorized_keys, hay que copiar el contenido de nuestro nuevo archivo al final de aquel.

Con esto debería bastar, y nuestro backup sería tan simple como escribir el nombre del script adecuado.

Sincronizando datos: rsync (3)

En el post anterior os conté cómo se hace una sincronización básica con un servidor remoto. Sin embargo, la última orden que os puse no hacía lo que yo deseaba:

rsync /myuser/biblioteca/ myusername@myserver.address.com:/users/biblioteca

Recordad que en el primer post os dije que, por defecto, rsync realiza una copia simple, sin borrar archivos que ya no existen en el origen, sin copiar directorios, etc. La orden que me sirvió fue ésta:

rsync -axzuvh --delete --force-delete --exclude='.*' /myuser/biblioteca/ myusername@myserver.address.com:/users/biblioteca

Como veis, hay varios códigos precedidos por guiones. Son opciones de rsync, que me permitieron que funcionase como yo quería. Aunque tenéis su significado en los enlaces del primer post (y no olvidéis que tenéis el manual de rsync escribiendo en consola man rsync), voy a describirlas una a una. Un aviso, estas opciones tienen su forma larga (precedida por --) y su forma abreviada (precedida por -). En la forma abreviada, se pueden concatenar varias opciones. Por ejemplo, -axzuvh equivale a -a -x -z -u -v -h.

-a
Modo de archivo, equivale a escribir -rlptgoD. ¿Y qué significa -rlptgoD? Pues que rsync debe comportarse recursivamente (-r), es decir, que debe copiar directorios y los archivos que contengan (un problema que quería resolver); también debe copiar enlaces simbólicos (-l, no entro en esto); debe preservar los permisos de los archivos, su propietario, su grupo, y, si son archivos de dispositivo o especiales, deben permanecer como tales (-pgoD, tampoco entro, pero es muy importante si queremos que los archivos sincronizados se "comporten" como los originales); y debe preservar la hora de modificación de los archivos (-t) ya que, si no, la hora de modificación se cambiaría a la de copia. Vamos, que con -a rsync nos realiza una sincronización del directorio que le ordenemos, con todos sus contenidos y exactamente tal como estaban esos contenidos, sin que haya modificaciones de sus propiedades de por medio.

-x
Esto evita que si dentro del directorio a sincronizar hay una ruta que lleva a un dispositivo de almacenamiento distinto, evite el salto al otro dispositivo. Esto no les será familiar a los usuarios en general, pero es que, en sistemas Unix, los sistemas de almacenamiento (discos duros, DVD, etc.) aparecen como simples directorios. Es decir, que si en mi ruta hay un directorio llamado Pendrive, donde he "montado" mi pendrive de 4 GB, los contenidos de ese pendrive se sincronizarán, a menos que incluya -x. La verdad es que es un concepto un poco difícil de explicar en poco espacio, y, en mi caso, yo no tendría ese problema. Pero me parece que es útil incluir esta opción como precaución.

-z
Le decimos a rsync que comprima los archivos durante la transferencia. Más uso de CPU y memoria (poco importante con los maquinones que utilizamos estos días), pero se aligerará la transferencia por red. Que sepáis que hay opciones adicionales para evitar, por ejemplo, recomprimir archivos ZIP o JPEG (lo cual no tendría beneficios), o para forzar una compresión más rápida o más intensa.

-u
Imprescindible en toda buena sincronización. Con esta orden, no transferimos al destino los archivos que tienen una fecha y hora de modificación más reciente que en el origen. Imaginemos que he subido al servidor (por otra vía distinta a rsync) el archivo "Informe actualizado.pdf". Cuando rsync revise el destino, verá que "Informe actualizado.pdf" es más reciente que su copia en el origen, y no lo actualizará. Esta opción tampoco es necesaria en mi caso, pero la he incluido "por si acaso".

-v
Con esta opción, rsync nos va informando de lo que va haciendo (archivos transferidos, velocidad, etc.), con lo cual podéis ver si suceden cosas raras.

-h
Modo "legible para humanos". Es decir, el tamaño de los archivos no se muestra en bytes (por defecto, sino en KB, MB o GB. Muy útil para entender la información que se muestra en pantalla.

--delete
Si un archivo existe en el destino, pero no en el origen, se borra. Recordad que me interesa que el destino sea igual al origen. Si borro algo en mi ordenador, quiero que desaparezca del servidor.

--force-delete
En principio, si un directorio en el destino no está vacío, no se borrará aunque uséis --delete. Con --force-delete, si borráis un directorio en el origen, desaparecerá en el destino, aunque contenga archivos.

--exclude='.*'
Esta opción os permite utilizar expresiones para evitar que rsync copie determinados archivos. Por no entrar en ello, en mi caso estoy diciendo a rsync que no considere los archivos que empiezan por un punto (que son archivos ocultos en sistemas UNIX). Yo utilizo Mac OS X, que tiene la costumbre de crear archivos ocultos en determinados directorios para guardar cierta información de sistema. Como no me interesa que esos archivos se copien al servidor, utilizo esta opción.

Y ya está. No tengo más que realizar pequeñas modificaciones para acomodar rsync a mis propósitos. En la siguiente (y última entrada sobre el tema, espero), os contaré cómo simplifiqué este proceso con scripts y cómo evité tener que introducir la contraseña de SSH cada vez que quería sincronizar con el servidor.

Sincronizando datos: rsync (2)

En el post anterior lo dejamos con lo básico, pudiendo transferir los archivos nuevos, pero sin sincronizar realmente. Veamos algo de lo que puede hacer rsync.

Lo primero es comentar una curiosidad que resulta crucial a la hora de decirle a rsync lo que tiene que copiar. Recordemos la forma básica del comando:

rsync /myuser/mydata/ /myuser/mydata_copy

Si os fijáis, puse una barra al final del nombre de la carpeta origen (/). Por si no lo sabéis, en Unix se utiliza la barra inclinada (/) para separar los nombres de las carpetas, mientras que en Windows se utiliza la barra invertida (\). Pues bien, el poner la barra final le dice a rsync que copie el contenido de la primera carpeta en la segunda. ¿Y si no ponemos la barra? Pues rsync copiará la carpeta misma. Es decir, en este caso, nos aparecerá la carpeta mydata dentro de mydata_copy, tal que así: /myuser/mydata_copy/mydata

Continuemos con la historia. Recordad que quiero sincronizar mi biblioteca personal con la de un servidor, de manera que la copia del servidor sea idéntica a la de mi ordenador. Entonces, lo primero será indicar a rsync que debe sincronizar con otra máquina. Veamos:

rsync /myuser/biblioteca/ myserver.address.com:/users/biblioteca

Como veis, lo único que he hecho es preceder la ruta de la carpeta de destino con la dirección del servidor (puede ser el nombre DNS o la IP), separándolos con dos puntos. Los dos puntos le dicen a rsync que debe establecer conexión con esa máquina. Y ya está. Bueno, no todo. En realidad, lo que hace rsync es utilizar SSH (secure shell), así que en la máquina de destino tendrá que estar funcionando un servidor SSH (si es Linux, OpenSSH se instala rápido y sin problemas). No voy a entrar en detalles, sólo decir que SSH permite acceder a otra máquina de forma "segura", y que es lo que utiliza rsync para identificarse y poder así transferir los archivos. Excepto por el hecho de que los archivos se transmiten por red, no hay más complicación para nosotros. Lo que sí tendremos que hacer es entrar nuestra contraseña de usuario cada vez que usemos rsync para transferir archivos de o hacia otra máquina (sí, podemos hacer rsync miservidor.com:/carpeta_origen/ /mi_ordenador/carpeta_destino). Ojo, la contraseña que usemos en la otra máquina. Tengamos en cuenta que rsync manda automáticamente el nombre de usuario que estemos usando en el momento de ejecutar la orden. ¿Y si tenemos un usuario distinto en el otro sistema? Pues nada más sencillo que esto:

rsync /myuser/biblioteca/ myusername@myserver.address.com:/users/biblioteca

Donde myusername es un nombre de usuario de una cuenta activa en la máquina remota. Entramos su contraseña y ya está (en otro post os comentaré cómo evitar tener que estar introduciendo la contraseña cada vez).

Hay otra opción, que es tener a rsync corriendo como servidor en la máquina destino. En ese caso, tendríamos que separar el nombre de la máquina de la ruta de la carpeta destino por :: en vez de usar :, pero esto es otra historia en la que no nos meteremos (más información en los enlaces que os pasé en el post anterior).

Y por hoy ya es suficiente. La próxima entrada: cómo hacer una sincronización de verdad.

Sincronizando datos: rsync (1)

Hace bien poco he conseguido algo que tenía ganas de hacer desde hace bastante tiempo: sincronizar fácilmente mi ordenador de trabajo con un servidor que monté en el curro para diversas cosas (página web, bases de datos varias, archivo de bibliografía). ¿El secreto? Un pequeño programa llamado rsync.

Un requisito era que el sistema tenía que ser sencillo, no comercial, libre e incluido en los sistemas UNIX con los que trabajo: MacOS X y Linux (Ubuntu). Rsync está también disponible para Windows, por supuesto.

La situación es ésta: la máquina con Linux es el servidor del que hablaba. Tiene un directorio llamado biblioteca con varios subdirectorios, donde mantengo una selección de documentos (casi todos PDF) a disposición del grupo de investigación: Congresos y simposios (copias de proceedings, abstracts sueltos, etc.), Libros y Tesis (eso mismo), Separatas (artículos científicos procedentes de revistas, casi todas peer-reviewed) y Otros (patentes, legislación y miscelánea). A propósito, directorio es más conocido como carpeta, así que utilizaré esa denominación.

Hasta ahora, mantenía todo esto organizado a mi gusto en mi ordenador personal, pero la necesidad de compartirlo con el resto del grupo me llevó a tener que resolver un problema: ¿cómo actualizar la copia del servidor cada vez que actualizaba mi copia personal? Desde luego, replicar los cambios era imposible (son más de 7 GB, con más de 20000 PDF y otros tantos ítems diversos). Copiar los 7 GB completos, posible con un disco duro portátil, demasiado lento por red. Obviamente, conociendo las posibilidades de hacer una sincronización que transmitiese sólo aquellos elementos nuevos o modificados, me puse a buscar la manera. Tardé poco, ya que ya había hecho algo similar en el pasado para realizar copias de seguridad de otro servidor (aunque esa vez, a un disco duro externo conectado por USB). Rsync sería mi elección.

Hay varias páginas donde se puede obtener información sobre rsync (ejemplo), posiblemente mucho mejor explicado que aquí. Yo voy a describir cómo lo hice, por si alguien quiere hacer algo similar.

En primer lugar, rsync en su modo más básico simplemente compara un grupo de archivos con otro, y copia sólo aquello que ha cambiado. Haciendo una comparación con el "arrastrar para copiar" entre ventanas, es básicamente lo que ocurre cuando arrastramos un grupo de archivos de una carpeta a otra y el sistema copia aquellos que no existen en el destino, preguntando si debe sobreescribir aquellos que tienen el mismo nombre. En esa situación, nosotros miraríamos si la fecha de modificación de los archivos y su tamaño son distintos, y, sólo en ese caso, aceptaríamos la copia. Eso es lo que hace Rsync, sólo que automáticamente, si escribimos algo como:

rsync /myuser/mydata/ /myuser/mydata_copy

Rsyinc compara los archivos de la carpeta mydata con los de mydata_copy y copia los archivos de mydata que no existen en mydata_copy, y aquellos que sí existen pero que tienen distinta fecha de modificación o distinto tamaño. Aquellos archivos que no cumplan esas condiciones no se tocan, por lo que el proceso es muchísimo más rápido que una simple copia, especialmente si hay muchos archivos y se modifican raramente.

Sin embargo, rsync tal cual es muy limitado. Por ejemplo, si un archivo ha sido borrado de mydata, no desaparece de mydata_copy (se supone que quiero sincronizar, es decir, al final ambas capetas deben tener la misma información). Si hay subcarpetas, resulta que sus contenidos no se tienen en cuenta (si creo una subcarpeta en mydata y la lleno con archivos, en mydata_copy aparecerá esa subcarpeta... vacía). Además, las fechas y horas de modificación de los archivos sincronizados cambian a la hora en la que se realizó esa sincronización (igual que otros parámetros del archivo). Obviamente, rsync "tal cual" no me vale para mi propósito, hay que darle algunas órdenes, pero lo dejo para otra entrada.

Os dejo algunos enlaces por si queréis irlo descubriendo vosotros mismos:
rsync web pages
Página de manual de rsync
rsync en la Wikipedia
Algunos ejemplos del uso de rsync

CVN: Only output

Hoy he echado otro vistazo a la página sobre el CV normalizado (CVN). ¡Esto marcha! En breve, parece que tendremos por fin un CV que podremos compartir con cuantas administraciones públicas y tal vez con alguna privada. El "secreto" está en el uso de XML para compartir los datos, lo cual lleva tiempo usándose con gran éxito, por cierto.

Claro, que en la lista de partipantes no están todos los que deberían estar, ni mucho menos. Parece ser que sólo los que utilizan SICA, liderados por la Junta de Andalucía. De universidades, sólo un puñado (las andaluzas, bien por ellos). No está la de León, con su Universitas XXI tan poco amigable y con paradas para mantenimiento cada dos por tres (en la UCLM teníamos otro sistema bastante cutre, pero por lo menos era sencillo, espartano, efectivo y nunca lo vi caído). Pero, al menos, parece que la U. de León tiene una opción para importar un CVN procedente de SICA. Afortunados los que lo puedan usar.

La gran sorpresa es que en la lista de instituciones aparecen todas como con capacidad para exportar el CVN... pero ninguna con capacidad para importarlo. ¿Alguien me lo explica?

En fin, esperemos que cunda el ejemplo y que todos los sistemas de gestión de la investigación que nos toca sufrir lo incorporen pero ya mismo. Es difícil entender cómo se puede pretender que la gente introduzca los ítems de su CV a base de formularios, cuando cada ítem comprende por lo general más de una docena de elementos, y un buen CV incluye decenas, cuando no cientos de ítems. Uno sólo tiene que mirar en la web para encontrar sitios que te permiten subir tu CV automáticamente (reconocimiento de campos) o buscar directamente en sitios como Pubmed, importando todos los datos de publicaciones y elementos similares. La tecnología está ahí, ¿por qué no se usa?

A propósito, no veo ni en Universitas, ni en SICA, ni en el Portal de Investigación de la UCLM que haya software libre por ningún lado. Siendo algo promovido y pagado por lo público, bien podría tener esa condición. Estoy seguro de que un montón de desarrolladores estarían felices de desarrollar un sistema libre de gestión de la investigación. A propósito, ¿es el CVN libre?

Pego aquí la lista, con su misterioso Importa: NO.

Instituciones adaptadas al estándar CVN

El siguiente listado muestra las instituciones que ya permiten a sus investigadores disponer de un currículum en formato CVN-XML.

Institución o entidad	Sistema	Exporta	Importa
JUNTA DE ANDALUCÍA	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD DE SEVILLA	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD DE GRANADA	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD DE CÓRDOBA	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD DE CÁDIZ	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD DE HUELVA	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD DE JAÉN	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD DE ALMERÍA	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD DE MÁLAGA	SICA	SI	NO
UNIVERSIDAD INTERNACIONAL DE ANDALUCIA	SICA	SI	NO
SERVICIO ANDALUZ DE SALUD	SICA	SI	NO
FUNDACIÓN HOSPITAL REINA SOFÍA-CAJASUR	SICA	SI	NO
ASOCIACIÓN SANITARIA VIRGEN MACARENA	SICA	SI	NO
EMPRESA PÚBLICA HOSPITAL DE LA COSTA DEL SOL	SICA	SI	NO
ESCUELA ANDALUZA DE SALUD PÚBLICA	SICA	SI	NO
INSTITUTO ANDALUZ DE CIENCIAS DE LA TIERRA (IACT)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE PARASITOLOGIA Y BIOMEDICINA LOPEZ NEYRA (IPBLN)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE MICROELECTRONICA DE SEVILLA (IMS-CNM)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE LA GRASA (IG)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE ESTUDIOS SOCIALES AVANZADOS DE ANDALUCIA (IESAA)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE CIENCIAS MARINAS DE ANDALUCIA (ICMAN)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE RECURSOS NATURALES Y AGROBIOLOGIA SEVILLA (IRNAS)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
CENTRO ANDALUZ DE BIOLOGIA DEL DESARROLLO (CABD)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
CENTRO DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS ISLA DE LA CARTUJA (Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
ESCUELA DE ESTUDIOS ARABES (EEA)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
ESCUELA DE ESTUDIOS HISPANO-AMERICANOS (EEHA)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
ESTACION BIOLOGICA DE DOÑANA (EBD)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
ESTACION EXPERIMENTAL DE ZONAS ARIDAS (EEZA)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
ESTACION EXPERIMENTAL DEL ZAIDIN (EEZ)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE AGRICULTURA SOSTENIBLE (IAS)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
ESTACION EXPERIMENTAL LA MAYORA (EELM)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE ASTROFISICA DE ANDALUCIA (IAA)(Delegación del C.S.I.C.en Andalucía)	SICA	SI	NO
INSTITUTOS Y CENTROS DE INVESTIGACIÓN Y CULTURA	SICA	SI	NO
INSTITUTO DE INVESTIGACIÓN Y FORMACIÓN AGRARIA, PESQUERA, ALIMENTARIA Y DE LA PRODUCCIÓN ECOLÓGICA	SICA	SI	NO
INSTITUTO ESPAÑOL DE OCEANOGRAFÍA	SICA	SI	NO
FUNDACIÓN CENTRO DE ESTUDIOS ANDALUCES	SICA	SI	NO
FUNDACIÓN HOSPITAL CARLOS HAYA	SICA	SI	NO
FUNDACION INSTITUTO MEDITERRÁNEO PARA EL AVANCE DE LA TECNOLOGÍA Y LA INVESTIGACIÓN SANITARIA	SICA	SI	NO
FUNDACIÓN NEFROLÓGICA	SICA	SI	NO
FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN PUERTA DEL MAR	SICA	SI	NO
FUNDACIÓN REINA MERCEDES PARA INVESTIGACIÓN SANITARIA	SICA	SI	NO
FUNDACIÓN VALME	SICA	SI	NO
FUNDACIÓN VÍRGEN DE LAS NIEVES	SICA	SI	NO
ASOCIACIÓN PROFESIONAL DE ATENCIÓN PRIMARIA PARA ACTIVIDADES CIENTÍFICAS	SICA	SI	NO

Totalmente out

Abandonado tengo el blog. Entre la escritura/corrección/revisión de manuscritos, el diseño de nuevos experimentos, la dirección de doctorandos, los cursos de perfeccionamiento docente, mis aventuras precarias y una estudiante de biología experimentando sus primeros pasos en la investigación, estoy más que ocupado.

Espero poderme organizar un poco en breve, que hay muchas cosas sobre las que me gustaría escribir.