martes, 16 de noviembre de 2010

Un primer encuentro con Firefox 4 (beta)


Acabo de aprovechar para bajarme la última versión, aún en beta, de mi navegador favorito, Firefox. Como es habitual, me ha sorprendido muy gratamente. El tiempo de arranque se ha reducido bastante, la navegación es muy ágil, y algunos defectillos parece que han desaparecido. Le han dado un nuevo "look", que en parte me gusta, pero al que tardaré unos días en acostumbrarme. En el breve tiempo que lo he probado, no ha hecho cosas raras ni se ha cerrado sin avisar. Buena cosa para una beta.

De momento, vuelvo al eficiente Firefox 3.6. La razón es que no todos los complementos funcionan en la versión 4 beta, y algunos realmente los necesito. Ha sido una experiencia breve pero intensa, esperemos que Firefox 4 salga pronto.

Para los aventureros, se puede bajar de:
http://www.mozilla.com/es-ES/firefox/beta/

viernes, 29 de octubre de 2010

Manifiesto por una Universidad libre de pseudociencia y oscurantismo

(copiado de Amazings)

Manifiesto por una Universidad libre de pseudociencia y oscurantismo

Ante la cada vez más abundante proliferación de conferencias, cursos, seminarios y todo tipo de actividades que diferentes corrientes pseudocientíficas están desarrollando dentro del marco de las universidades españolas y latinoamericanas, tendencia que cristaliza en la reciente creación de una Cátedra de Investigación sobre Homeopatía en la Universidad de Zaragoza, los abajo firmantes (científicos, profesores, alumnos y ciudadanos en general) nos vemos en la necesidad de manifestar lo siguiente:

La colaboración entre la Universidad y la Empresa, así como con otros organismos y agentes sociales es enriquecedora, productiva y debe ser considerada como una de las prioridades de la política universitaria. Los acuerdos y contratos para la transferencia de resultados de la investigación a la empresa privada pueden representar una importante fuente de financiación para las universidades públicas; los cuales, desarrollados convenientemente, permiten una mayor productividad científica y la optimización de las aplicaciones de tal actividad. Sin embargo, creemos que no es justificable que la Universidad busque vías de financiación a cualquier precio, y aún menos si con ello pervierte su filosofía y fines fundamentales.

La Universidad Pública, como cualquier otro organismo de la administración, debe estar al servicio del ciudadano, manteniendo un contacto permanente con la sociedad de la que forma parte, mediante una comunicación constante que permita la sintonía entre el mundo universitario y las necesidades sociales. Para cumplir estos objetivos, la Universidad debe ser un adalid en lo referente a innovación y a exploración de nuevos caminos para el conocimiento. La Universidad nunca debe ser una estatua, sino una animación en constante movimiento.

No es posible entender la función investigadora y el compromiso social de la Universidad sin la imbricación con su papel fundamental en la formación de ciudadanos libres, capaces de enfrentarse al mundo mediante una mentalidad crítica que les permita escapar de las cadenas de la irracionalidad, la superstición y la ignorancia. Esta función docente, completamente consustancial a la institución universitaria, va más allá de las aulas, al representar la Universidad un referente en cuanto a conocimiento y racionalidad para toda la sociedad.

En este sentido, la Universidad juega un papel muy importante ante el avance que en la sociedad contemporánea están teniendo determinadas corrientes anticientíficas y antirracionales, que pueden suponer un significativo retroceso hacia el oscurantismo y la superstición, algo que se encuentra en el polo opuesto de los objetivos universitarios. Nos preocupa, como universitarios y como ciudadanos, que bien entrado el siglo XXI cada vez prolifere un mayor número de terapias más próximas a la magia que a la medicina, en muchas ocasiones amparadas por instituciones y empresas médicas profesionales; nos preocupa que presidentes de gobierno consulten astrólogos; que pulseras mágicas declaradas oficialmente fraudulentas sean portadas por ministros de sanidad y constituyan el regalo más vendido de las últimas navidades; que cada vez haya más ciudadanos que crean firmemente que las vacunas son tóxicas y nefastas para la salud; que aumente el número de enfermos que abandonan el tratamiento médico para abrazar alternativas esotéricas; nos preocupa muy seriamente que gran parte de la población vuelva a confiar más en los curanderos que en la medicina científica.

Nos preocupa que la Universidad pueda convertirse en un mercadillo que de cabida a cualquier alternativa irracional al conocimiento científico. Sólo una mal entendida apertura de mentalidad puede justificar que se enseñe alquimia en las Facultades de Química, ufología en las de Física o el diluvio universal en las de Historia. Ofrecer el foro universitario a las pseudociencias, en igualdad de condiciones con el conocimiento racional, no se traduce en ningún enriquecimiento cultural, sino en una validación universitaria de la superstición y la charlatanería. Difícilmente podremos educar a nuestros hijos sobre la inexistencia de bases empíricas en la predicción astrológica si van a encontrar en el campus universitario cursos de postgrado en astrología.

Reza una de las máximas en ciencia que la razón no debe aceptar algo como cierto sólo porque lo afirme mucha gente o porque lo suscriban personajes importantes, y que siempre es necesario detenerse ante cualquier afirmación y dudar sobre si es o no cierta. Esto obliga a actuar mucho más despacio, a sopesar cuidadosamente las opciones, a avanzar con cautela ante cualquier tipo de propuesta. Y esta es una de las cosas que creemos firmemente que debe enseñarse en las universidades.

Por todo ello, nos preocupa que la Universidad de cabida a cursos sobre acupuntura, a conferencias sobre creacionismo, a seminarios sobre astrología y a cátedras sobre homeopatía. Nos preocupa especialmente si no se enfocan como un debate crítico y un análisis racional, sino con un presupuesto de funcionalidad y validación científica de los que no sólo carecen, sino que están en frontal oposición al espíritu crítico universitario.

En el caso concreto de la homeopatía, aunque de igual aplicación para el resto de pseudociencias, no se ha demostrado científicamente ni su fundamento teórico (que contradice nuestros conocimientos sobre química y medicina más elementales), ni su efectividad más allá de un placebo. Décadas atrás, se destinaron importantes estudios a buscar una posible base en los postulados homeopáticos, los cuales no han variado significativamente en doscientos años, base que jamás se encontró.

Nos resulta extremadamente paradójico que mientras gobiernos europeos retiran fondos y apoyos estatales a la práctica homeopática, en España se instauren cátedras dentro de las universidades públicas. El aval que esto supone, sitúa a la homeopatía, a la astrología o al espiritismo dentro de la categoría de disciplinas universitarias; máxime cuando no nos encontramos exclusivamente ante una actividad de investigación sobre un fenómeno dudoso, sino ante una institucionalización dirigida a la formación y divulgación de estos postulados.

Consideramos por último, que si bien está justificado profundizar y destinar fondos a cualquier aspecto que pueda ser investigado, la especial situación económica actual convierte la inversión de esfuerzo y medios en este tipo de disciplinas totalmente desacreditadas en un acto de puro despilfarro de recursos, que podrían emplearse en líneas de investigación y docencia muchísimo más prioritarias.

Las personas que desde distintos estamentos y colectivos de la sociedad suscribimos este manifiesto, deseamos llamar la atención sobre este importante aspecto al conjunto de la población y, especialmente, a las autoridades académicas y gubernativas, confiando en que la razón acabe imponiéndose sobre la superstición y el oscurantismo.

FIRMAR EL MANIFIESTO

martes, 31 de agosto de 2010

Credo de la pipeta


[desvergonzadamente plagiado de "La chaqueta metálica" ("Full metal jacket"). Gran película. Véase "Rifleman's Creed".]

Ésta es mi pipeta.
Hay otras muchas, pero ésta es la mía.
Mi pipeta es mi mejor amiga.
Es mi vida (puesto que no hay vida fuera del laboratorio).
Tengo que dominarla, igual que domino la técnica del pipeteo.
Sin mí, mi pipeta es inútil. Sin mi pipeta, no puedo investigar.
Tengo que acertar con las puntas, tengo que pipetear y echar la muestra en el tubo correcto.
Tengo que transferir la muestra sin perder un microlitro.
Lo haré...
Mi pipeta es investigación, porque participa de mi investigación.
Por lo tanto, la consideraré como a una hermana.
Aprenderé cuál es su precisión, su repetibilidad, sus piezas y accesorios.
Nunca la trataré inapropiadamente, y la protegeré de los ácidos, bases y solventes más fuertes, como protegería mis brazos, mis ojos y mi corazón de esas sustancias.
Mantendré mi pipeta limpia y lista, libre de RNasas.
Nos convertiremos uno en parte del otro, la pipeta será la continuación de mi mano.
Lo haré...
Esto que digo lo juro ante Watson y Crick, ante Eppendorf y Gilson.
Mi pipeta y yo defenderemos la ciencia.
Triunfaremos ante las adversidades y las contaminaciones de DNA exógeno.
Publicaremos en revistas de alto impacto.
Así sea hasta que consiga clonar la secuencia apropiada, y no haya más PCRs fallidas, sino una banda bien definida.
¡AMÉN!

martes, 8 de junio de 2010

Scientix: recursos educativos sobre ciencia

Leo en CORDISnews (del Servicio de Información Comunitario sobre Investigación y Desarrollo) que el programa "Ciencia y Sociedad" del Séptimo Programa Marco ha puesto en marcha un portal para proveer de recursos sobre enseñanza de ciencias a la comunidad educativa. Scientix se encuentra en http://scientix.eu y tiene buen aspecto, aunque aún un poco escaso (he probado un poco, y sólo hay 59 recursos disponibles). No obstante, la idea es buena, parece que se basa en licencias Creative Commons, tiene vocación multilingüe y utiliza varias tecnologías web2.0.

Esperemos que la lista de proyectos y recursos siga creciendo. Mientras tanto, vale la pena suscribirse. Como buen portal 2.0, tiene prevista la interacción entre sus usuarios (echad un vistazo al botón Comunidad).

jueves, 29 de abril de 2010

Am I a freak biologist?

Es curioso cómo la curiosidad tecnológica puede alienar a uno. Desde que empecé a trabajar en esto de la investigación no he podido evitar derivar de una habilidad a otra, captando un poco de aquí y allí. Siendo un biólogo, creo que merezco entrar dentro de alguna categoría freak:
  • Escribo con cierta soltura en un teclado Dvorak, mejor que en un QWERTY. Esto produce situaciones un tanto estresantes, como que al cambiar bruscamente de teclado (de Dvorak a QWERTY, claro) se me vea teclear dubitativamente hasta que le cojo el tacto a la nueva distribución.
  • Escribo la mayoría de mis trabajos en LaTeX. Esto ha reducido mi nivel de ansiedad al preparar manuscritos, excepto cuando el editor me insiste en que debo enviarle el documento en formato "MSWord".
  • Utilizo ordenadores Mac (vale, esto ya no es tan raro)... con Fink... y recurro frecuentemente a la línea de comandos.
  • Sé instalar un servidor web, bases de datos y sus correspondientes frontends, sobre Linux. Y lo administro a través de SSH.
  • Analizo mis datos programando en R.
  • Soy capaz de programar utilizando macros Excel 4.0 (no es algo que considere especialmente brillante).

miércoles, 10 de marzo de 2010

Visitas

De visita en UK esta semana. Vuelo a Londres el lunes. El martes, viaje a Sheffield para preparar un proyecto con un grupo de la University of Sheffield. Reunión, visita a las instalaciones del grupo, presentación del proyecto, comida, visita a los alrededores y vuelta a Londres. Hoy miércoles, visita a otro grupo en la Zoological Society of London (Regent's Park) in the morning, para preparar la estancia de un doctorando. In the afternoon, viaje a Sunningdale (al lado de Ascot), para visitar a un colega con el que tengo varios frentes abiertos. Visita al centro, comida, visita a su parcela de trabajo (un trozo de bosque inglés), reunión de trabajo. Vuelta a Londres. Mañana, vuelta a España y a otro tema. Y seguimos...

domingo, 8 de noviembre de 2009

Sincronizando datos: rsync (4) y un toque de SSH

Hablamos de crear unos scripts para automatizar el proceso de sincronización con el servidor. Nada más sencillo que abrir un editor de texto y escribir:

#!/bin/bash
rsync -axzuvh --delete --force-delete --exclude='.*' "/Users/myuser/Documents/miBiblioteca/Libros" my.server.com:/home/biblioteca/

Guardamos (por ejemplo, con el nombre bibliosync.libros) y convertimos el archivo en ejecutable. Para mayor comodidad, podemos añadir el directorio donde guardamos nuestro script a las rutas de búsqueda del intérprete de comandos que estemos usando. Esto se queda un poco fuera del tema, así que pongo lo que usé yo, y lo podéis adaptar a vuestro caso sin más que buscar por la red:
  • Para convertir bibliosync.libros en ejecutable: chmod og+x ~/bin/bibliosync.libros
  • Para añadir ~/bin a las rutas de búsqueda de bash (el intérprete de comandos que yo uso), basta con abrir el archivo ~/.profile (o ~/.bashrc) y buscar (o crear) una línea parecida a export PATH=$PATH:/sw/bin, y añadir dos puntos y nuestro directorio de scripts al final. Por ejemplo: PATH=$PATH:/sw/bin:~/bin.
Como yo tengo varios directorios que sincronizar, he creado varios scripts con el nombre bibliosync.lo_que_quiero_sincronizar, más que nada, para ahorrar un poco de tiempo cuando quiero sincronizar un solo directorio. Para cuando quiero una sincronización general, tengo otro script que lo único que hace es ir ejecutando los scripts particulares secuencialmente.

Por último, voy a comentar un pequeño detalle sobre SSH. Cada vez que queramos sincronizar, SSH nos va a pedir la contraseña para acceder al servidor, lo cual puede ser un poco pesado. Para evitarlo, y si la seguridad de nuestro ordenador no está comprometida (e. g., no lo vamos dejando a todo el mundo, o tenemos una cuenta de invitado sin privilegios para ello), podemos crear un archivo de clave en nuestro ordenador y copiarlo al directorio de claves autorizadas del servidor. De esta manera, nuestro ordenador se autentificará automáticamente con el servidor cada vez, sin tener que introducir nosotros la clave. Muy brevemente, sería algo así:
  • Creamos una pareja de claves (privada y pública) escribiendo ssh-keygen en nuestro ordenador. Nos pedirá una passphrase (hagámosla complicada).
  • Esto nos creará un par de archivos. Por defecto, éstos serán id_rsa e id_rsa.pub, en el directorio oculto ~/.ssh. Dejaremos id_rsa (o como lo hayamos llamado) allí, que está bien.
  • El archivo pub lo copiamos al servidor, al directorio ~/.ssh, y le cambiamos el nombre a authorized_keys. Ojo, tiene que ser en la cuenta de usuario que utilizamos para realizar la sincronización. Si ya existe un archivo authorized_keys, hay que copiar el contenido de nuestro nuevo archivo al final de aquel.
Con esto debería bastar, y nuestro backup sería tan simple como escribir el nombre del script adecuado.