sábado, 25 de diciembre de 2010

Gestores de bibilografía: BibTeX y BibDesk

Iba a hablar de gestores de bibliografía (por ejemplo, esto, esto o esto), pero he decidido posponer la entrada para explicar mi punto de vista sobre el tema. Un servidor produce sus documentos (científicos y no tanto) generalmente con LaTeX, no con un típico procesador de textos. Generalmente, con un procesador de textos, se puede utilizar una aplicación que gestiona la bibliografía y que a menudo instala un plug-in (un menú o una barra de herramientas) que permite ir añadiendo citas al documento (de todas maneras, OpenOffice, y parece que las últimas versiones de MSWord, incluye su propio sistema bibliográfico). Al acabar, basta con indicar el estilo de las citas y de la bibliografía para que el gestor genere la bibliografía y formatee las citas con el estilo deseado, voilà! ¿Que más adelante se necesita cambiar el estilo? Basta con indicarlo en el menú para que las citas y la bibliografía queden reformateadas con el estilo correspondiente.

LaTeX tiene un estupendo sistema para incluir bibliografía en los documentos, llamado BibTeX. Sin embargo, aquí no se necesitan plug-ins ni menús. La razón es que un documento LaTeX, para quien no lo haya mirado en el enlace de arriba, se escribe como un simple texto sin formato. La estructura del documento se indica con una serie de etiquetas, como \begin{document} o \section{Resultados}. Cuando se quiere ver el resultado, el texto se pasa por el compilador de LaTeX y se obtiene un hermoso documento PDF.

Cuando queremos introducir bibliografía en un documento LaTeX, utilizamos varias de esas etiquetas. Por ejemplo, \cite{ji2010a} indicaría que queremos citar un trabajo que hemos etiquetado como ji2010a. Allí donde queramos que aparezca la lista de referencias, escribimos \bibliography{mybib}. Al generar el PDF se tomarán los datos del archivo mybib.bib (lista de referencias en formato BibTeX), apareciendo las citas y la lista de referencias perfectamente formateadas (hay muchos más detalles que omito, por no ser cargante).

Lo importante es que veáis que para mí no es una prioridad el tener un sistema de gestión de bibliografía que incluya un plug-in para introducir citas en mis documentos. Ya lo hago yo mientras escribo, y LaTeX se encarga de todo lo demás. Lo importante para mí, es que el sistema que utilice tenga la capacidad de exportar las referencias en formato BibTeX, lo cual no es complicado, ya que, junto a RIS, se ha convertido en uno de los estándares para guardar información bibliográfica. A propósito, hay bastantes programas que utilizan BibTeX para almacenar referencias, pero esto no quiere decir que sólo se puedan usar con LaTeX. Muchos permiten generar bibliografías para utilizar con un procesador de textos.

Para gestionar mis archivos BibTeX utilizo BibDesk (a propósito, LaTeX, BibTeX y BibDesk son software libre, ¿lo dudábais?). Es un gestor de bibliografía bastante sencillo de usar y a la vez bastante potente, solo para MacOS, a propósito (para los desencantados, echad un vistazo a Bibus, JabRef y similares). Utiliza el formato BibTeX para guardar las referencias, por lo que puedo utilizar los archivos directamente con mis documentos de LaTeX, bastante cómodo. Como otros gestores bibliográficos, tiene integrados varios motores de búsqueda (PubMed, Web of Science) para poder realizar la captura de referencias sin tener que estar saltando al navegador. Además, puede importar y exportar varios tipos de formatos de bibliografía, para cuando hay que compartir bibliografías o hay que obtener referencias que no están disponibles en PubMed (puedo acceder a WoS —de pago— a través de FECyT por estar en una universidad, pero este tipo de acceso no lo reconoce BibDesk).

Generalmente, cuando encuentro una referencia nueva y puedo bajar el PDF, lo hago y lo guardo en mi "biblioteca" (un sistema de carpetas con el nombre de las revistas). Me gusta especialmente cómo enlaza BibDesk con los PDF, basta con arrastrarlos a un área lateral de la ventana mientras se tiene a la referencia en cuestión seleccionada, y ya queda disponible para ser abierto (incluso ojeado desde el propio programa). Y si el PDF se mueve a otra carpeta no hace falta reenlazar el documento, BibDesk hace uso de algunas características del sistema de archivos de MacOS para no perder la pista del archivo. Si éste cambia de sitio, el sistema le dice a BibDesk dónde encontrarlo, sin que nosotros tengamos que hacer ningún cambio.

Pues esto es lo que quería presentar antes de entrar a hablar de sistemas de gestión de bibliografía, para que veáis de dónde vengo y lo que estoy utilizando ahora. Esto no quiere decir que no me interese utilizar un sistema que me permita guardar la bibliografía de otra manera (tal vez más eficiente en cuanto al flujo de datos), o que me permita crear bibliografías con mi procesador de textos (OpenOffice, por supuesto). Sencillamente, no son prioridades para mí, o al menos no tanto como que me permita enlazar cómodamente PDFs, disponer de salida en formato BibTeX o, necesidad de última hora, poder tener mi bibliografía "en la nube" y compartirla ágilmente. Esto último no me lo permite hacer BibDesk (tiene alguna capacidad de compartir bibliografías, pero bastante limitada), y es lo que me ha movido a escribir sobre este tema. El próximo post, descubriendo nuevas posibilidades para la gestión bibliográfica.

A propósito, un ejemplo de una entrada en un archivo de BibTeX:

@article{ji2010a,
Author = {Ji, Yingbiao and Tulin, Alexei V},
Journal = {Curr Opin Genet Dev},
Month = {Oct},
Number = {5},
Pages = {512-8},
Title = {The roles of PARP1 in gene control and cell differentiation},
Volume = {20},
Year = {2010}
}

Cada línea corresponde a una parte de la referencia, creo que las etiquetas son bastante descriptivas (una pista: la referencia es de un artículo de una revista, y la etiqueta para citarla es ji2010a). Obviamente, cuando BibTeX procesa la entrada, reorganiza toda esta información de manera que el formato de la referencia corresponda a lo que deseamos.

2 comentarios:

CAROL dijo...

Hola, he visto tu entrada sobre la gestión con bibdesk, es una pena que se encuetre tan pocas cosas en español sobre el tema, veras quería consultarte, resulta que tengo varios, un montón, de archivos bis, uno por cada trabajo que presento, y quisiera saber si hay alguna forma de unirlos todos en uno y de gestionarlos de manera que no tenga que estar creando un nuevo archivo para cada trabajo, sobretodo en aquellos en los que utilizo un mismo, libro, articulo etc, ebn varios trabajos. No se si me he explicado bien? te agradecería tu ayuda.

Héctor Hernández dijo...

Hola, muchas gracias por tu entrada. Recientemente empecé a utilizar Bibdesk, bueno todo lo que es MacTeX, y necesito compilar un archivo .bib con casi trescientas referencias, ¿sabes cómo puedo compilarlo? Por algúna razón no he podido y llevo varios días intentándolo. Saludos y gracias.